PRONACOM fue creado por medio del Acuerdo Gubernativo 306-2004, el cual ha sido reformado por los Acuerdos Gubernativos 21-2008, 39-2016 y 192-2016.
Actualmente, PRONACOM está conformado por tres órganos:
Comité Ejectivo
La conformación del Comité Ejecutivo de PRONACOM según el artículo 4 del Acuerdo Gubernativo 306-2004 y que fue reformado por el Acuerdo Gubernativo 192-2016, está especificada de la siguiente manera.
Consejo Asesor
Es el órgano asesor y consultivo del Comité Ejecutivo, con carácter deliberativo, para lo cual se reunirá como mínimo cuatro veces al año, con la participación del Comité Ejecutivo, quien lo convocará oportunamente.
Unidad Especial de Ejecución
La Unidad Especial de Ejecución de PRONACOM se integra de la siguiente manera:
a) El Director Ejecutivo, nombrado directamente por el Ministro de Economía, a propuesta del Comité Ejecutivo, b) La subdirección ejecutiva, c) La Unidad Administrativa Financiera; d) Los consultores técnicos y profesionales, así como el personal de apoyo que se requiera, para el desempeño de sus fines.